macOS SierraでKarabinerが使えなくなったのでKarabiner-Elementsに乗り換えてみました。まだキーの変更しかできないのですが、Cap lockとcontrolは入れ替えたい。

最新版の安定版はこちら。 Karabiner-Elements にソースコードが公開されているので必要であれば自分でBuildできます。

現在のバージョン（0.90.36）ではインストール完了後、設定ファイルを自分で作成する必要があります。 インストール後、 ~/.karabiner.d/configuration/karabiner.json というファイルを作成し、Cap lockと左controlを入れ替える設定を追加します。

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{
    "profiles": [
        {
            "name": "Default profile",
            "selected": true,
            "simple_modifications": {
                "caps_lock": "left_control",
                "left_control": "caps_lock"
            }
        }
    ]
}

ログイン項目に設定しておくといいでしょう。